氨基酸重编号

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问题阐述:在rcsb中下载的蛋白序号是没问题的。但大多蛋白都不是完整的,不是从1开始。在用amber处理后会重新编号,或者你要用alphafold预测部分蛋白结构编号也是从1开始,这样分析作用残基,每个氨基酸都要重新加减计算编号,徒增工作流也易出错。

1. 查找在完整蛋白中的编号

在genecard中找蛋白共有多少氨基酸
notion image
查看完整编号
notion image
notion image
在rcsb看编号一样的道理
 

2. 重新编号

用Chimera

Tools——Structure Editing——Renumber Residues
输入原来残基的起始编号,点apply就可以了。

用pymol

在命令行中输入:(换为从101开始编号)
offset = 100
alter all, resv = resv + offset
rebuild
 
gnina分子对接习得性无助
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