Modeller修复PDB结构

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chimera X是chimera的加强版，更多功能，可视化更直观。

下载chimeraX，运行一直弹窗缺少dll报错，将路径添加到环境变量仍无法解决。

并且和chimera功能好像并不完全相同

解决方法：官网下载Chimera。完美解决。我就应该按照教程老实下载Chimera，不应该节外生枝。

pdb文件中，其中 SEQRES为完整序列信息（包含缺失序列），可以自己创建或者修改添加从而达到自己的补全内容的目的。除非特殊要求一般PDB数据库中不需要修改或者自己添加。

打开命令行

打开UCSF Chimera，点击Favorites -> Command Line, 下载蛋白，删除除蛋白外物质

#打开PDB 1qln

open 1qln

#删除核酸和溶剂等

delete ~protein （~非）

tools>structure Editing >Model/Refines Loops

弹出设置modeller的框框

红色框是缺失蛋白

Model/remodel，使选择修复区域（最后弄完再检查下，好像后面的设置后，会重置）

active region：序列框里的活性区域

-Chimera selection region：Chimera中选择的区域

-non-terminal missing structure: 非端点的缺失结构，会将坐标文件和SEQRES相互比较

-all missing structure：所有缺失片段

Allow this many residues adjacent to missing regions to move (default 1) * 允许移动的残基（来适配缺失残基），建议就是默认值

Number of models to generate 生成的模型数，个人觉得1个就好，后期再优化，默认为5个

Loop modeling protocol

standard（默认）

DOPE: 精度更高，花的时间更多，有可能没有结果或者比预期结果少

DOPE-HR：和DOPE类似，精度相对没有那么高

Run modeller using

web service（默认）:需要Modeller license key，学术用户可以输入MODELIRANJE

local installation：需要路径，我的是D:/programs/modeller/Modeller10.5/lib/x86_64-w64/mod10.5.exe (windows)

点击 OK会后台会运行，我运行了大约15分钟，运行完后模型会直接进入界面，然后保存即可。若停止或者查看可以在Task Panel查看，即右下角！图标

web用了10分钟，自己电脑用了20min，还是用网站吧

保存文件

file>save pdb

设置路径

save models全选

save relative to model每个保存到对应的pdb中

filename：使用$name 或$number，能保存多个不同文件名

结果打分 • zDOPE – 归一化离散优化蛋白质能量（DOPE），一个原子距离依赖性统计得分（见沈和 Sali， Protein Sci 15：2507 （2006）），自动分配为名为 modeller_zDOPE 的模型属性。值越低表示模型越好，< 0 的值通常表示模型越可靠。

zDOPE为归一化的离散优化蛋白质能量（DOPE），一种原子距离依赖性统计评分，较低的值表示更好的模型，而<0的值通常表示一个可靠的模型。

氨基酸重新编号

Tools——Structure Editing——Renumber Residues,输入原来残基的起始编号，点apply就可以了。

添加氨基酸序列

程序怎么知道你缺了哪些序列的结构？因为原始pdb中有信息记录。但是如果你用pymol操作后导出，就丢了这些信息。所以补全结构用pdb库下载的原始文件。

python_mosh_StandLibrary标准库 python_mosh_PackageIndex包索引

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