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vina --help
prepare_receptor
成功的workflow
直接用rdkit将smiles转换为pdbqt
或者用ADFR将mol2转换为pdbqt。（但是用rdkit将smiles转为mol2的格式有问题的。可以用ds导出mol2.）下载ADFR，设置环境变量。
prepare_receptor -r dpp4.pdbprepare_ligand -l CDSS.mol2直接用autodock打开受体文件找到对接盒子大小Grid-Grid box，记得长宽高乘那个放大比例。
写好config文件
vina --config config.txt config文件
遇到的问题
用openbabel将fasta直接转为mol2，
obabel -ifasta *.fasta -omol2 -m -h -gen3d能转换，但是全都重复生成两个。
先转换为sdf
obabel -ifasta *.fasta -osdf -O *.sdf --gen3d
再转为mol2
obabel -isdf *.sdf -omol2 -m -h -gen3d报错，变成了一个原点，所有的原子坐标在一个位置。
dock.bat文件
验证了一个问题。
说明写的bat脚本有问题
参考资料
反思：不要解决不存在的问题。直接用sequence转换出问题就改为smiles，不要折磨自己，能解决就行，管他呢。需要一定的思考钻研，但不要把自己卡进去。
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Last update: 2025-03-28
🎉终于搭建完成🎉
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